Nach Angaben des State Department of Environmental Conservation ist die Wasserqualität in weiten Teilen des Cayuga Lake gut und entspricht den Standards für Trink- und Erholungszwecke. Die Ausnahme bildet jedoch das flache südliche Ende des Sees.
Es hat Sediment- und Nährstoffbelastungen, einschließlich Phosphor, aus verschiedenen Quellen, die zu Unkraut- und Algenwachstum führen. Das DEC sagte, dass die aktuellen Wasserqualitätsstandards für die Wasserversorgung des Sees eingehalten werden, diese Nutzung jedoch als bedroht gilt.
Der See und die Wasserscheide standen im Mittelpunkt der laufenden Überwachung und Untersuchung durch eine Reihe von Gruppen, darunter das Finger Lakes Institute und das Community Science Institute.
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